Efter att superskurken Shredder lyckats fly ur sitt fångenskap slår han sina påsar ihop med den galne vetenskapsmannen Baxter Stockman och hans två svagbegåvade hjälpredor Bebop och Rocksteady. Som om inte Shredder och hans planer på världsherravälde vore nog finner sig sköldpaddorna plötsligt ställda mot en annan, ännu ruskigare, fiende med liknande ambitioner: den fasansfulle Krang.

Michelangelo, Donatello, Leonardo, och Raphael är tillbaka på bioduken! Den här gången tampas de mot större och ondskefullare skurkar än någonsin.