Efter ett avslutat uppdrag där magizoologen Newt Scamander har sökt sig för att upptäcka och dokumentera en samling magiska varelser anländer han i New York. Han kunde gjort ett uppehåll i staden utan problem, om det inte vore för malplacerade världslingen Jacob samt en del fantastiska varelser som rymt ifrån Newt Scamander. Dessa varelser kan skapa problem i både trollkarlarnas och världslingarnas värld.

Fantastiska varelser och var man hittar dem är baserad på boken skriven av Harry Potters författare J.K Rowling. Historien utspelar sig ett decennium innan Harry Potter och hans vänner börjar på Hogwarts och handlar om Professor Scamanders resor i den magiska världen och alla fantastiska varelser han möter i den.